O MelhorAR também prevê a criação do Selo MelhorAR a transportadores que atendam aos requisitos de emissões estabelecidos pelo programa. Essa certificação visa estimular a modernização da frota e incentivar práticas mais sustentáveis no setor.Os critérios para obtenção, renovação, suspensão e cancelamento do selo serão estabelecidos por resoluções específicas da Infra S.A., que será responsável pela implementação e gestão do programa.

A Infra S.A também será responsável pela definição dos critérios técnicos para a mensuração das emissões e pela criação de mecanismos para registro e monitoramento das emissões, além de estabelecer e fiscalizar as metas de redução de emissão. Os dados serão consolidados e monitorados por meio do ONTL (Observatório Nacional de Transportes e Logística).

Já a ANTT (Agência Nacional de Transportes Terrestres) ficará encarregada de criar e revisar normas para estimular a redução contínua de emissões atmosféricas do transporte rodoviário de cargas e passageiros. A agência também ficará incumbida de promover a adequação da regulamentação vigente para incluir os dados do programa no RNTRC (Registro Nacional de Transportadores Rodoviários de Cargas).